COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 13.137694 13.137694 14.132657
2021-02-09 17:00:00 12.851202 12.851202 14.096877
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.231243
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.248019
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.211627 14.275298
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.401783
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.463975

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.699266 10.004111
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 10.041914
2021-02-08 17:00:00 1.315884 5.097659 9.960708
2021-02-07 17:00:00 5.306719 11.968158 10.176452
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 10.365035
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 10.627363
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 10.716827

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 15.194716
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 14.753625
2021-02-08 17:00:00 14.705882 14.370664 15.000564
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 15.116139
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 15.203385
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 15.202555
2021-02-04 17:00:00 10.608424 10.608424 15.241832

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 7.883119
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 7.819428
2021-02-08 17:00:00 8.830846 5.881135 7.917232
2021-02-07 17:00:00 4.703704 7.222222 7.902230
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 7.885662
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 8.045195
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 8.207961

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 16.190453
2021-02-09 17:00:00 16.712580 16.712580 15.968879
2021-02-08 17:00:00 28.636802 28.636802 16.144026
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 15.792397
2021-02-06 17:00:00 1.159590 14.658197 15.574518
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 15.534860
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 15.175381

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 16.902944 16.902944 24.411300
2021-02-09 17:00:00 24.690422 24.690422 24.555966
2021-02-08 17:00:00 45.318619 26.320686 25.165645
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 25.770651
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 26.175286
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 26.648429
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 27.086136

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 15.177862
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 15.550299
2021-02-08 17:00:00 16.645649 16.645649 15.214156
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 15.574895
2021-02-06 17:00:00 8.951019 19.449023 15.794606
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 16.128165
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 16.648362

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.178763
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.226568
2021-02-08 17:00:00 11.864664 4.340104 5.203241
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.253766
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.300358
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.385747
2021-02-04 17:00:00 4.923877 4.923877 5.472728

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 14.811244
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 14.833345
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 14.977574
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 15.107263
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 14.800535
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 14.557000
2021-02-04 17:00:00 22.765363 13.570764 14.335106

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 19.493652
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 18.861225
2021-02-08 17:00:00 18.484097 19.365427 18.680257
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 18.530973
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 18.429095
2021-02-05 17:00:00 22.137742 15.365573 18.438511
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 18.644405

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 12.919279
2021-02-09 17:00:00 8.176863 12.356148 12.666682
2021-02-08 17:00:00 25.560538 12.513653 12.669789
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.719589
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.737091
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.695735
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 12.769228

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 14.486922 8.249497 11.825819
2021-02-09 17:00:00 5.343511 20.356234 11.755037
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 11.684384
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 11.577734
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 11.472573
2021-02-05 17:00:00 11.649366 11.649366 11.367745
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 11.257070

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 92.798514
2021-02-09 17:00:00 228.164557 98.228883 92.452748
2021-02-08 17:00:00 74.127907 91.280654 89.525664
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 87.431009
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 86.313341
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 85.569513
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 84.380526

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN
2021-02-08 17:00:00 29.729730 29.729730 NaN
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 14.036941
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 14.152368
2021-02-08 17:00:00 18.435115 18.435115 14.449282
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 14.631407
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 14.704289
2021-02-05 17:00:00 14.735516 14.735516 14.984784
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 14.902547

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 22.456400
2021-02-09 17:00:00 15.752949 15.752949 22.178543
2021-02-08 17:00:00 13.839941 22.106552 22.874828
2021-02-07 17:00:00 45.508626 19.655704 24.094713
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 24.407750
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 24.667408
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 25.266202

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 6.243661
2021-02-09 17:00:00 5.636743 3.554190 6.064242
2021-02-08 17:00:00 5.137615 5.137615 6.012104
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 6.121636
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.263924
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.448994
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.625891

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 12.853120
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 13.093117
2021-02-08 17:00:00 11.658537 11.658537 13.345738
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 13.490817
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 13.693679
2021-02-05 17:00:00 11.045365 11.045365 13.953430
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 14.173398

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 7.981834
2021-02-09 17:00:00 6.291667 6.291667 7.977783
2021-02-08 17:00:00 12.137387 7.090564 7.885293
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 7.847886
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 7.859010
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 7.844164
2021-02-04 17:00:00 9.633667 9.633667 7.851868

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 26.907485
2021-02-09 17:00:00 21.626298 26.445698 26.594758
2021-02-08 17:00:00 90.047393 26.393790 26.459640
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 26.314121
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 25.760067
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 25.474086
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 25.375828

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 11.904145
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 11.118709
2021-02-08 17:00:00 26.530612 26.530612 10.555951
2021-02-07 17:00:00 1.562500 1.562500 10.634319
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 10.092213
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 9.981009
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 9.705811

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 24.666788
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 24.784289
2021-02-08 17:00:00 29.885057 16.455696 24.545071
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 24.413862
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 24.446872
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 24.960306
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 24.889134

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.033665 8.699266 10.004111
Basilicata 21.510297 21.510297 15.194716
Calabria 8.942750 8.942750 7.883119
Campania 12.450503 12.450503 16.190453
Emilia-Romagna 16.902944 16.902944 24.411300
Friuli Venezia Giulia 12.065508 12.065508 15.177862
Lazio 5.732306 5.732306 5.178763
Liguria 14.124951 14.124951 14.811244
Lombardia 20.649989 20.649989 19.493652
Marche 12.108139 12.108139 12.919279
Molise 14.486922 8.249497 11.825819
P.A. Bolzano 115.519766 115.519766 92.798514
P.A. Trento 89.970501 89.970501 NaN
Piemonte 10.764280 10.764280 14.036941
Puglia 23.973839 23.973839 22.456400
Sardegna 6.399046 6.399046 6.243661
Sicilia 12.714965 12.714965 12.853120
Toscana 7.082542 7.082542 7.981834
Umbria 25.105868 25.105868 26.907485
Valle d'Aosta 7.526882 7.526882 11.904145
Veneto 26.436782 26.436782 24.666788

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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